Según los antiguos relatos, se dice que en el sitio que actualmente ocupa la Capilla de Ntra. Sra. de Zapopan, se construyó, primeramente una Ermita y que en torno de aquel pequeño oratorio, que tenía su puerta hacia el Oriente, se congregaban los devotos a venerar a la Santa imagen y que poco después a esa Ermita se le dio más extensión para comodidad de los fieles y que entonces se abrió la puerta de entrada para el Oeste, a fin de que la imagen no se moviera del sitio de su primer asiento, por ser el lugar de su aparición, según las leyendas.
Don Juan de Santiago de León Garabito, obispo de Guadalajara en la Nueva Galicia, a donde pertenecían eclesiásticamente las misiones de Coahuila, visitó estas tierras en 1682, y el principal problema que encontró en su llegada fue el que los misioneros tenían con el abastecimiento de víveres para los indios, que la Corona tenía establecidos para socorro de los misioneros y su trabajo. Debió ser grata la imagen que de esta tierra se llevó el obispo, ya que a su muerte, ocurrida a finales del siglo XVII, dejó establecido en su testamento que la imagen de la virgen de Zapopan, que tenía en su oratorio episcopal, fuera entregada a Coahuila, como se conoció a lo que en la actualidad es Monclova. En 1698, el nuevo gobernador, don Francisco de Cuervo y Valdés, al llegar a la ciudad de Monclova, cabecera de la provincia de San Francisco de Coahuila, trajo consigo aquel regalo del obispo muerto y el cual puso en manos del párroco de la villa en solemne ceremonia celebrada en la iglesia parroquial el mes de junio.
Hay varias leyendas referente a la iniciación en éstas regiones del culto dedicado a Nuestra Señora de Zapopán, la más popular dice que: una viejecita, buscando pitahayas en la loma, encontró una mula que estaba echada y además traía en su lomo una caja como carga, ésta persona dio aviso a las autoridades y la acémila con su carga fue llevada ante las autoridades, descubriendo al abrir la caja, la misma imagen que actualmente se venera en la ermita, que posteriormente fue llevada en procesión a la antigua iglesia parroquial donde se depositó y se principió a venerar por el vecindario. Poco tiempo después la imagen desapareció del nicho en que se había colocado y al buscarla fue encontrada en el mismo sitio donde la encontró la viejecita y este acontecimiento se interpretó como el deseo de la virgen de que en ese lugar se le erigiera un santuario y que se le venerara en el sitio que Ella indicaba.
El gobernador Cuervo y Valdés, sería uno de los más decididos impulsores de la construcción de la ermita de Nuestra Señora de Zapopan, hecho que incluso le trajo problemas con los tlaxcaltecas del pueblo de San Francisco el año de 1700, a quienes obligó a levantar dicha ermita cuando ellos estaban en la construcción de su iglesia de San Francisco; pero éstos, usando de sus privilegios de hidalgos que el mismo rey les había otorgado, ocurrieron al virrey quien ordenó que no los molestaran ocupándolos en una construcción que no fuera la de su iglesia.
En 1701 durante la visita pastoral del obispo de Guadalajara, fray Felipe Galindo, a la villa de Santiago de la Monclova, bendijo la ermita y consagró una campana para usarla en dicho espacio de devoción, después de haber realizado una concurrida procesión con la imagen desde la parroquia hasta la ermita por la calle Real de la villa que es la que hoy lleva el nombre de calle Zaragoza.
Durante los hechos en Monclova durante 1811, ante la inminente llegada del movimiento insurgente que se acercaba desde el Saltillo, venía encabezado por sus principales líderes: el cura de Dolores don Miguel Hidalgo y Costilla, el Gral. Ignacio Allende, Mariano Abasolo, y Mariano Jiménez cobijados por el estandarte de la virgen de Guadalupe, mientras que los contrainsurgentes en la capital de Coahuila, nombraron a la imagen de Zapopan como generalísima de su movimiento; ganando en la emboscada de Baján, como ya es bien sabido, nuestra señora de Zapopan sobre los Guadalupanos.
A principios del año de 1865, el Dr. don. José Ma. Hinojosa, cura de Monclova, emprendió la reparación de la Ermita. Se reparó el piso poniéndole encima otro de madera, sobre la techumbre se puso cielo raso, cubriendo toda la viguería.En el año de 1904 el Sr. cura don Gregorio Urbano Tesillos mandó construir un nuevo altar de la Ermita y quitó el antiguo cielo raso.
En el año de 1913 las fuerzas federales huertistas ocuparon como un cuartel a la Ermita, construyendo fortificaciones de piedra y adobe en derredor del templo que el 10 de marzo de 1914 fueron atacadas por las tropas del Gral. Francisco Murguía y Cesareo Castro y como los sitiadores batieron la fortaleza todo el día y parte de la noche, hasta que los huertistas la evacuaron, quedó la capilla materialmente acribillada por las balas; dillas y todo lo que pudieron.
A la Sagrada Imagen de la Virgen de Zapopan solo le quedó una herida de bala en su base y se trasladó a la Parroquia de Santiago Apóstol en donde permaneció hasta el 17 de abril de 1921, en que fue restituida nuevamente a su Capilla, después de la obra de reparación que se hizo en 1920 por parte de las Damas Católicas y bajo la dirección del Sr. Cura Román Blanco.
En esta reparación de colocó un púlpito, se abrieron dos ventanas al sur y una al norte. En la sacristía se abrieron una puerta y una ventana y dos alacenas, se echó nuevo piso.
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