Las autoridades japonesas solicitaron a los residentes de la isla de Hokkaido "evacuar inmediatamente", pero retractaron la orden más tarde.
El lanzamiento de un misil por Corea del Norte creó confusión en el norte de Japón, donde se emitió una orden de evacuación que fue retirada 30 minutos después.
Las sirenas de alarma sonaron por toda la isla de Hokkaido y se le pidió a los residentes "evacuar inmediatamente" el jueves en la mañana.
La autoridades luego dijeron que el misil no había caído cerca de la isla y suspendieron la alerta.
Las tensiones han aumentado en la región, donde Corea del Norte ya ha lanzado 27 pruebas de misiles este año.
El proyectil voló unos mil kilómetros, en lo que el ejército de Corea del Sur llamó una "grave provocación".
Todavía no se han hecho públicos más detalles del tipo de arma que se estaba probando. Varios informes dicen que pudo tratarse de un misil balístico de combustible sólido y largo alcance. De ser así, sería la primera prueba que Pyonyang hace de este tipo de arma.