Desde que Rafael Puente del Río fue anunciado como director técnico de Pumas luego de la salida de Andrés Lillini, la noticia no fue del agrado de los aficionados y al final el tiempo les dio la razón.
Después de la derrota de 2-0 contra Pachuca en casa, el Club Universidad informó que el exactor ya no estaría más en el plantel y los números que dejó en tan solo 12 partidos no fueron sorpresa de nadie: tres victorias, dos empates y siete derrotas.
Su paso por Atlas no fue muy diferente a lo que vivieron los universitarios. Puente debutó como entrenador de los rojinegros con un triunfo de 2-1 en casa contra Tijuana y hasta antes del parón del futbol por la pandemia en el Clausura 2020 hiló cinco derrotas y solo un triunfo más.
Finalmente se despidió un torneo después con una 23% de efectividad, la más baja hasta el momento en su carrera como entrenador.