Se encuentra prófugo de la justicia, junto a las otras nueve personas, incluido su hijo,
Guillermo Álvarez Cuevas es buscado por la justicia desde 2020, al ser acusado por el desvío de dos mil 257 millones de pesos, mediante la creación de fideicomisos que no contaban con la autorización de los socios de la Cooperativa La Cruz Azul, razón por la que se giró una orden de aprehensión en su contra.
El expresidente de La Máquina, interpuso un amparo contra la orden de aprehensión, el cual fue desestimado por un juez de la Ciudad de México ante la demanda por "administración fraudulenta"