Los retrasos, encarecimiento de los materiales y los cambios en el trazado han propiciado que el costo del megaproyecto haya pasado de los 156 mil millones de pesos presupuestados.
En los dos años de construcción que lleva el Tren Maya, EL UNIVERSAL ha documentado conflictos sociales, ocultamientos de información y problemas ambientales que pueden llevarlo, incluso, a "ser un factor anexo de fragmentación [que] conllevará a un ecocidio sin precedentes".